基金會與全台灣39家合約醫院簽訂合約，從北部、中部到南部，從西部到東部，囊跨整個台灣地區的大醫院，連成一個完整的醫療網以照顧心臟病童。對每一家合約醫院，基金會皆設有顧問醫師，部份醫院更配置有心臟病童生活輔導員，希望對每一位需要協助的病童提供最佳的醫療服務。凡十八歲以下兒童，住院就醫於本會合約醫院，經濟上有困難時，可於就醫期間，至各醫院社會服務部申請本會補助，補助範圍包括住院、檢查、藥物治療及手術居家照顧所需器材等全民健保不給付費用。小兒心臟專科醫師請詳各大合約醫院網站查詢。