雖然，全民健康保險開後，大部份的醫療費用都可以獲得給付，但仍然有些心臟病童必須使用的藥物還沒有納入給付項目，有些藥物昂貴，例如治療肺高壓的藥物Sildenafil必須由家長自費購買，每月花費約幾千元不等，而且必須要長期服用不能間斷，累積的費用非常可觀，為了減輕家長的經濟負擔，基金會自1992年開始補助自費藥物的費用，至2023年補助人數約1406人，補助金額約新台幣陸佰柒拾萬元。除了補助健保不給付的藥物費用外，基金會也積極提供專業建議建請健保署逐步給付更多的藥物與治療，幫助更多的心臟病童。

 肺高壓病童Sildenafil藥物費用補助辦法及申請表