凡十八歲以下的心臟病童，於本會全國36家合約醫院住院就醫治療，經濟上有困難時，可於住院期間，向各合約醫院的社會服務部申請本基金會醫療費用補助，補助範圍包括住院、檢查、藥物治療及全民健康保險沒有給付的醫療費用，由醫院社工人員開立申請書並評估家庭經濟狀況及醫療費用金額後，再決定基金會補助的金額，基金會的醫療費用補助金額會直接從住院帳單中扣除。每次住院補助最高上限金額為新台幣壹拾陸萬元，同次住院如因病情需要，得再申請補助，但須先以書面及申請表送基金會審核同意。
一、Sildenafil 建議補助對象：
因先天性心臟病全身至肺部血液分流( systemic-to-pulmonary shunt)所導致的肺部高血壓病患，經心導管檢查以及心臟血管專科醫師評估，並非原發性肺部高血壓(Idiopathic pulmonary arterial hypertension)、左心疾病導致之肺部高血壓(Pulmonary hypertension with left heart disease)、結締組織疾病(Connective tissue disease)或其他原因形成之肺部高血壓，並且符合以下任一項情況者:
 艾森門格氏症候群(Eisenmenger syndrome) |
| 先天性心臟病導致的肺部高血壓己形成不可逆肺部血管阻塞病變 (Pulmonary vascular obstructive disease) ，無法接受完全校正之心導管治療或外科手術者。 |
| 先天性心臟病導致的肺動脈高血壓病患，於接受心導管治療或外科手術矯正後，仍持續存在肺部高血壓及不可逆肺部血管阻塞病變(Pulmonary vascular obstructive disease)者 |
二、補助年齡
18歲以下為原則，超過18歲以上者，在學者請檢附在學證明書
三、補助原則
| 學生平安保險醫療給付:住院期間，憑醫療費單據，最高可申請伍萬元醫療補助，同一年度內不限補助次數。 |
| 服用劑量及費用，若家長可自行負擔則由其自行負擔。 |
| 基金會補助:若家長無法負擔時則申請基金會補助。 |
為了早期發現早期治療，基金會免費為學童做心音圖及心電圖檢查，檢查結果經醫師判讀及聽診後，將疑似先天性心臟病學童，轉診到醫院做進一步的確認檢查，轉診到醫院所需的費用由本基金會全額補助。
先天性心臟病的發生率約占新生兒的千分之八至十，絕大部份的孩童經治療後是可痊癒的。少部份嚴重的先天性心臟病必須進行階段性的手術，在等待手術的過程中或手術後的恢復期，因心臟無法維持穩定的功能或功能尚未復原，因此居家照顧期間需使用輔助性的醫療儀器，如：血氧監視器或氧氣製造機。為減輕心臟病童家庭長期租用或購買醫療儀器的經濟負擔，本會自2004年開始購置相關的居家照顧醫療儀器，提供給需要的心臟病童使用；為了讓病童與家長在居家醫療器材借用上更具彈性及讓社會大眾的愛心捐款更有效率的運用，於2016.5.11修訂「居家醫療器材補助辦法」，改採補助儀器租借/購買方式，有需要的病童及家長可與我們聯絡，或向本會合約醫院的社工洽詢。
2018年10月23日訂
對象：複雜性先天性心臟病合併瓣膜狹窄或嚴重逆流造成心臟功能不佳，需要置換肺動脈瓣之病患。
補助方式：
1.需要置換肺動脈瓣的病患
2.健保不給付的肺動脈瓣或器材費，補助上限新台幣叁拾萬元整
3.補助金額由主治醫師及社工師評估後，送基金會審核決定
備註：本辦法之經費來源由已故心臟病童綺綺指定捐款用途該捐款金額補助完畢後，即終止本補助辦法。
2019年10月29日
對象：複雜性先天性心臟病合併瓣膜狹窄或嚴重逆流造成心臟功能不佳，需要置換肺動脈瓣之病患。
(一)初步篩選條件：
一、前一年度綜合所得稅率在12%以下者。
二、全家人口之動產（含存款、股票及投資）之合計限額：單一人口家庭在新臺幣200萬元以下
(每增加一口，得增加新臺幣25萬元)。
(以上依據台北市政府社會局身心障礙者生活補助之申請條件)
三、不符合以上條件，但家庭有下列特殊情況之一者。
1. 父母雙方離異、分居或一方失蹤達 6 個月以上、或入獄服刑、遭裁員、資遣、強迫退休或其他因素未能盡撫育責任者。
2. 父母一方死亡或領有殘障手冊者。
3. 其他家境特殊或遭逢重大意外事故者。
(二)符合以上條件者，由本會輔導師安排至醫院社工室接受經濟評估是否符合補助資格。
(三)醫院社工師經濟評估之內容：
一、需事先備齊以下文件：
最近三個月內全家戶籍謄本（請至戶政事務所申請）
全戶最近一年度綜合所得稅各類所得資料清單(請至國稅局申請）
全戶財產歸屬資料清單(向國稅局各分處「全功能服務櫃檯」申請)
中、低收入戶證明（無者免附）
其他佐證資料（如身心障礙證明、學生證、在監證明等，無者免附）
二、需與社工師會談，詳細說明家庭及經濟狀況，包括父母、兄弟姊妹及同住者之職業、收支、是否有借貸及資產等。
