隨著兒童心臟學醫療的發展與進步，大部分的先天性心臟病童在幼童時期接受治療後，都能夠跟正常兒童般到學校上學及活動，為了鼓勵病童能夠積極學習課業並重視德智體群美的均衡發展，基金會於2000年開始頒發「心臟病童獎學金」，從2000年獎助81位心臟病童，獎助金額約新台幣貳拾壹萬元，逐年成長，至2008年獎助721位心臟病童，補助金額約新台幣壹佰叁拾陸萬元達到最高峰。

從歷年的申請獎學金資料中，可以發現，絕大部分先天性心臟病童經過治療後，他們的學業成績及德智體群美各方面的表現都非常優異，許多病童受到了鼓舞，連續好多年都獲頒獎學金；然而，有少部分嚴重型心臟病童因為反覆住院治療或是體能比較差而導致學業成績不甚理想，自2017年開始，為了鼓勵嚴重型心臟病童仍能積極正向學習，頒發獎金的比重以心臟疾病嚴重程度及醫療的複雜度做為評比的優先順序，以獎勵幫助更多需要幫助的弱勢病童。累計至2023年共頒發8573人次心臟病童奬勵學金，頒發金額共約貳仟壹佰萬元 。

 中華民國心臟病兒童基金會心臟病童獎勵學金辦法